康有为与众不同的奇谈怪论吸引了越来越多的青年学子，韩文举、梁朝杰、曹泰、王觉任、麦孟华、林奎、陈和泽等青年才俊先后来到长兴学舍就读，第一年就达到了40余人。长兴学舍旧有的房屋已不够使用，1892年，移学舍于卫边街邝氏祠堂。1893年以来，学者已达100余人，是年冬，再迁学舍于广府学宫文昌殿后面的一座祠堂里，康有为将学堂命名为“万木草堂”，以树人如树木，寓培植万木为国栋梁之意。1897年夏，万木草堂达到全盛期，就学者已有数百人。
从1891年开办长兴学舍到1898年戊戌政变后万木草堂被清廷查封，康有为在广州办学历时8年。在这8年中，他虽多次离开广州，但他从来没有停止对万木草堂学员们的授课。当康有为不在学堂的时候，日常事务由学长陈千秋、梁启超、徐勤、林奎等负责，康有为只是学堂的总监督、总教授。他除了指导弟子们研习中国传统文化经典外，也指导他们阅读江南制造总局翻译馆译述的声、光、化、电等学科的西书，并着意培养学生对国家事务的关心，鼓励他们身居草堂，心忧天下，以爱国救亡为己任。经过几年的精心培养，万木草堂终于为后来的维新运动培养出一批健将，如梁启超、欧榘甲、韩文举、徐勤、麦孟华、龙泽厚、叶觉迈等，都在后来的维新运动中作出过各自的贡献。万木草堂不仅在中国教育史上具有相当重要的地位，而且在近代中国政治史上起到转移风尚的特殊作用。