凌晨6时整，透过浓云薄雾，日本特遣舰队旗舰“赤城号”的主桅杆上高高升起了一面带有特定意义的Z字旗，这是命令出击的信号。6艘巨型航空母舰看见信号后，立即转换航向，逆风航行，进入发送飞机离舰的航道。各舰飞行甲板上，绿色信号灯闪闪烁烁，发出飞机起飞信号。飞行员们纷纷爬上各自的飞机，驾机向前滑动。日军飞机在呼啸声中一架接一架腾空而起，飞向蓝天。15分钟内，183架第一波进攻飞机如数升空，在舰队上空盘旋编队，然后由飞行队长渊田中佐统领，在日本水兵的欢呼声中，向珍珠港飞去，偷袭珍珠港的战争计时器开始滴答作响。
当南云舰队正为舰载机群起飞作准备时，华盛顿美国海军情报处一个叫克雷默的海军中校，根据早已破解的日本密码系统，破译了一份发自东京、罕见的长篇日本密电。电文分14部分发出，其内容是宣布日、美外交谈判破裂，表示遗憾，并指令日本驻美大使野村在华盛顿时间下午1时整必须面见美国国务卿赫尔，把翻译成英文的电文内容转交美国政府。多年从事情报活动的克雷默中校断定日本政府是向美国递交最后通牒，而下午1时这个最后期限则是对美发动进攻的具体时间。他的同僚甚至明确断定太平洋某个美军设施将在这一时间遭到袭击，这一设施可能在关岛、在威克岛，或者在菲律宾。但他们都没有想到过珍珠港。