乍看之下，接受这些理论假设似乎并不困难，但是要想将这些假设运用到实际之中就没那么简单了，因为这会挑战一系列根深蒂固的管理思维和行动习惯。
整合原则
根据X理论，组织的基本原则是运用权威的手段对人进行指挥和控制，这种方法又称为“阶梯原理”。而Y理论则认为组织的基本原则是整合，通过创造某种条件，帮助组织中的员工实现他们的目标，最好还能同时指挥完成企业目标。在人力资源管理上，这两个原则有着完全不同的意义，但是阶梯原理几乎深深地印刻在管理者的态度中，整合原则想要获得他们的认同并不容易。
有人说，鱼是世界上最后一个感知到水的动物。而企业管理中的“心理环境”对我们而言，也就像水中之鱼一样，虽然渗透在大部分的组织生活中，但是我们很少能觉察到它。社会以及社会中的组织生活具有的某些特征，其实早已完全创建，它们遍布在我们生活的各个角落，但我们却浑然不觉，甚至无法想象出这些特征如果消失了会是什么样子。所以，我们现在绝大多数的政策制度、决策关系似乎都只能是现在这个模样，没有其他可能。
现在美国，组织形式存在的一个普遍特征就是企业管理者对员工的一种管理态度，因为深刻地受到X理论的影响，所以不用猜也知道，在他们眼里，组织的目标永远高于员工的需求。而且从本质上来说，员工为了获得工资回报就需要签订劳动合同，这也就意味着他要受到外界的指挥和控制。而整合及自我控制理念和我们一般认为的雇佣关系完全不同。所以，面对这些不同声音，我们要不就是直接一票否决（视为是无政府主义思想或者是与人类天性相悖的理念），要不就是有意无意地歪曲事实，直到其适应现有的观念为止。