这一时期医学上最光辉的成就是战国末期出现的大型医学理论著作——《黄帝内经》。它以论述人体解剖、生理、病理、病因、诊断等基础理论为重点，兼述针灸、经络、保健、养生等多方面的内容，为中国医学理论体系的形成奠定了坚实的基础。
《黄帝内经》包括《素问》和《灵枢》两个部分，共十八卷，一百六十二篇（各八十一篇）。书中总结了人发育、成长、壮大和衰老的某些规律，指出“心者，生之本”，“心主身之血脉”，“经脉流行不止，环周不休”，这是世界医学史上对神经和循环系统最早的正确记载。该书认为，人体内部之间、内部与外部环境之间的协调是维持生理正常活动的根本原因，协调一经破坏，就会产生疾病。而人体内部的机能最具重要性，“正气存内，邪不可干”，反之，人体内部机能和抵抗力减弱，就会疾病缠身。该书对人体脏、腑、经、脉的生理功能和病理变化作了全面系统的研究，对许多疾病的症状和特点也有不少深刻的论述，是中医辨证施治理论最早的总结。它用当时流行的五行学说从理论上对生理、病理、疾病发生、发展、临床诊断和治疗的分析，到现在仍有指导意义。