噶尔丹回到漠北后，他们表面上向清廷表示屈服，暗地里却在昼夜不停地招兵买马，想要重振旗鼓。康熙三十三年（1694年），玄烨第二次约噶尔丹会面，并打算与他订立盟约。噶尔丹不但不肯听从玄烨的诏令，还暗地里派人到漠南捣乱。不仅如此，他还扬言已经向沙俄政府借到鸟枪兵6万，将会大举进攻蒙古各族。各部亲王得知噶尔丹很快就要来进攻他们部落，顿时乱了方寸，纷纷向玄烨求援。
康熙三十五年（1696年），玄烨第二次亲征，这一次他决定兵分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费杨古率陕西、甘肃兵将，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；玄烨亲自带中路军，从独石口（今河北赤城县）出发。在出发之前，三路大军都提前约好了时间，对噶尔丹进行环形夹攻。当玄烨率领的中路军到达科图时，遇到了敌军前锋。这时，东、西两路军还没到达。正当两军对峙时，有一位将士说：“听说沙俄要出兵帮助噶尔丹。”随行的一些大臣听完这句话，稍稍有点恐惧。于是，有一位大臣主动规劝玄烨班师回京。玄烨气愤地说：“朕这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？再说，朕中路一退，叛军全力对付西路，西路不是很危险了吗？”