上层军政大势的变动，迅速波及基层政治。广东各地的地方官吏、土豪劣绅、民团土匪以及驻防军等，闻风而动，对农民运动由消极抵制转为积极进攻。据罗绮园观察：“五月十五日（通过《整理党务案》）以前，农村中的劣绅土豪，对于农民协会虽然不喜欢，然非实际利益发生冲突不敢取攻势……但五月十五日以后，情形就显然不同了，简单一句话，连农民打个呵欠，伸伸懒腰，都成了问题，都可以受罪的。”北伐开始后，广东省党政机关大多转移至国民党右派之手。地方官吏和驻防军队动辄以扰乱北伐后方为借口，打压农民运动。地主民团等农运敌对势力见有机可趁，接二连三地拿农会开刀，频频制造农运惨案。政府当局对惨案的处理消极敷衍，驻防军队亦袖手旁观。在这种情势下，中共中央指示广东区委采取退却战略，“以和平的手段，合法的手续”开展农运。广东农运因而丧失前一阶段的斗争锐气，由积极攻势转为消极守势，最后趋于衰落、消沉乃至停滞。
国民党在对北伐后方农运采取限制措施的同时，对北伐前方农运却采取支持和鼓励态度。当广东农运趋于停滞的时候，北伐军所经过的两湖地区，农民运动却如狂飙突起。湖南湘江两岸尤为蓬勃和激烈。