作为时代的弄潮儿，崔健永远要走在时代的前头。他的歌是这样，他的电影，也长着一副让人大吃一惊的样子。《蓝色骨头》采用了不同时空交叉及闪回的叙事结构，虽然在细节上有所创新，但总体并没有使用的很好，可能会让那些走进影院寻找娱乐、希望沉浸在一段故事里的观众感到难以理解。
影片的情节在两个时空里来回交迭。一个是父母的时空，那是一段发生在文革时期的故事，年轻貌美的母亲陷入爱河，因触犯了文化禁忌而遭到打压，与她并没有爱着的父亲结了婚。这场婚姻是个灾难，一次争吵中，母亲不慎用枪打掉了父亲的睾丸。这是一个通俗、优美的故事，杜可风的摄影加上崔健的音乐，赋予了那个不幸的年代以一种伤感的味道。从未经历过苦痛的儿子的视角出发，这种对过去的美化和浪漫化，不必背负不够客观的苛责。
儿子追求音乐理想
另一个是儿子的时空。他精通计算机技术，追求音乐理想，对盗版、媒体收红包、人为操纵音乐排行榜等社会现象深感不满，在与唯利是图的商人合作的同时，用一些手段保持着自身的底线。他像是崔健的代言人，向时代宣示着自己的纯真和道德准则。然而当“道德”和“理想”从口中喊出，就通通变成了廉价品，它们宣泄着情绪，但却妨碍了情感的表达和故事的推进，无益于促成儿子对父母和那个逝去年代的理解。
时空的交错在当代电影里并不鲜见，闪回的使用早已是一种被广泛接受的电影手段。不同的是，在既往的电影尤其是好莱坞电影中，创作者们有意追求的是实现不同时空的平滑过渡，尽力将连接点隐藏起来，让观众忽略创作者的存在；而《蓝色骨头》则放大了连接点，过去与现在之间的转变声势壮大，仿佛成了真正的主角，观众则不得不从故事中抽离出来。比如过去的时光，变成了一部正在银幕上放映的黑白电影，而儿子则背对银幕工作着；又或者，行驶着的汽车，从银幕上开了下来，就像《开罗紫玫瑰》里从银幕上走下来的人一样。
无论是低调还是显眼的过渡，本身并没有对错之分。初执导筒的崔健求新求巧，不一味迎合观众，或许还值得我们献上一些敬意。不幸的是，这些大胆的实验，并没有建立起过去与现在的内在联系。也就是说，尹昉饰演的儿子，与赵有亮饰演的父亲，并没有必要是一对父子。二者的故事完全可以是独立的，只是在主题层面，或许可以归结出一个共同点来，即两代人都遭受了理想和爱情的挫折。然而父母的遭遇，并未导致儿子心理和行动的变化。
此外，父母的不幸时代难脱其咎，但时代的责任，止于棒打鸳鸯，止于它泯灭了年轻人出人头地的野心。但这对夫妻之间的横眉冷对、父亲的伤残、母亲的出走，是他们自己造成的，却也推到了时代的头上。理性的反思，同样沦为了情绪的宣泄。
影片对文革题材的触碰，也冲破了往日的一些禁锢。拥有绝对权力的组织对个人命运的干涉和对多元文化的限制我们以前在大银幕上很少看到。首长的那辆老式汽车，给人一种丝毫不容侵犯的权威感。不过，这种触碰是一种温和的触碰。母亲加入文工团后，在那里享受着谈情说爱的田园牧歌，虽然不敢明目张胆，但并没有遭受到真正的危险，最终也不过是被开除了组织。而父亲，在被组织调查之时，幸运地遇到了贵人相助。
片中多次出现了唱歌的场景。如果单看故事，我们无法明确崔健这部电影的主题。只有当你认真听取了人物口中的唱词，才能明白导演到底想表达什么。他想表达的是，我们在处理理想和情感挫折时该采取什么样的态度。文革一代生不逢时，他们有理由抱怨：“春里的花朵，长在秋天里”；当代的年轻人，则唯有正视挫折：“我就是一个春天的花朵，正好长在一个春天里”。两句歌词均出自他2005年的专辑《给你一点颜色》。崔健没有成功地用画面和动作表达出人物的心理转变，于是歌曲，就成了他表达主题的捷径。
